Index

A

acceptor (atom attribute) acceptors (msystem attribute) add_acceptors() (msystem method) add_donors() (msystem method) add_link() (network method)

add_node() (network method) add_user_topol() alt_log (atom attribute) atom (built-in class) (msystem attribute)

B

bfactor (atom attribute)

box (frame attribute)

C

cell (frame attribute) chain (atom attribute) (built-in class) (msystem attribute) (resid attribute) chains (msystem attribute) charge (atom attribute) cluster (network attribute) (node attribute)

code_ins_res (atom attribute) color (node attribute) component (network attribute) (node attribute) coors (frame attribute) (node attribute) covalent_bonds (atom attribute)

D

delete_frame() (traj method) delete_traj() (msystem method) dihedral_angle() (msystem method) dimensionality (msystem attribute)

directed (network attribute) distance() (msystem method) donor (atom attribute) donors (msystem attribute)

E

elem_symb (atom attribute)

extract_net() (network method)

F

file_labels (network attribute) file_net (network attribute) file_topol (msystem attribute)

file_topol_type (msystem attribute) frame (built-in class) (traj attribute)

I

index (atom attribute) (chain attribute) (resid attribute) (water attribute) (water.H1 attribute) (water.H2 attribute) (water.O attribute) info() (msystem method) (network method) (traj method) info_trajs() (msystem method) io_end (traj attribute)

io_err (traj attribute) io_opened (traj attribute) ion (msystem attribute)

K

k (cluster attribute) (node attribute) k_in (cluster attribute) (network attribute) (node attribute) k_max (network attribute)

k_out (cluster attribute) (network attribute) (node attribute) k_total (network attribute) kinetic (network attribute)

L

label (cluster attribute) (component attribute) (node attribute) labels (network attribute) lam (frame attribute) link (cluster attribute) (node attribute) list_atoms (chain attribute) (msystem attribute) (resid attribute) (water attribute)

load_labels() (network method) load_net() (network method) load_topol() (msystem method) load_traj() (msystem method)

M

mass (atom attribute) merge_net() (network method)

model (frame attribute) (water attribute) msystem (built-in class)

N

name (atom attribute) (chain attribute) (msystem attribute) (resid attribute) (traj attribute) (water attribute) (water.H1 attribute) (water.H2 attribute) (water.O attribute) network (built-in class) node (network attribute) nodes (cluster attribute) (component attribute) num_atoms (msystem attribute) (resid attribute) num_chains (msystem attribute) num_clusters (network attribute)

num_components (network attribute) num_frames (traj attribute) num_ions (msystem attribute) num_nodes (cluster attribute) (component attribute) (network attribute) num_residues (msystem attribute) num_waters (msystem attribute)

O

occup (atom attribute)

orthogonal (frame attribute)

P

pdb_header (msystem attribute) pdb_index (atom attribute) (resid attribute)

pdb_ss (msystem attribute) precision (frame attribute) (traj attribute)

R

ramachandran_map() (msystem method) reload_frame() (traj method)

resid (atom attribute) (built-in class) (msystem attribute)

S

seg_ident (atom attribute) selection() (msystem method) selection_covalent_chains() (msystem method)

size (node attribute) step (frame attribute)

T

time (frame attribute) title (traj attribute) total_frames (traj attribute)

traj (built-in class) (msystem attribute) type (atom attribute) (resid attribute) (traj attribute) type_pdb (atom attribute)

U

upload_frame() (traj method)

uvect_norm (water attribute)

V

vdw (atom attribute)

volume (frame attribute)

W

water (built-in class) (msystem attribute) water_model (msystem attribute) weight (cluster attribute) (component attribute) (network attribute) (node attribute)

write() (traj method) write_labels() (network method) write_net() (network method)